理事会为亚太森林组织的议事机构,是亚太森林组织成员讨论组织活动及发展的重要平台。根据其议事规则,理事会由亚太森林组织成员代表组成,每年举行一次会议,就战略方向、政策和年度工作计划提供咨询意见。亚太森林组织合作伙伴和感兴趣的利益相关者可以应要求作为观察员参加会议。
宋恒博士 (柬埔寨) 和埃迪瑞辛赫·尼桑塔先生(斯里兰卡) 分别为现任理事会主席(任期为2022年至2028年)和副主席(任期为2024年至2027年)。